آب در گردش به طور مکرر در سیستم استفاده می‌شود. با تغییر دما و تبخیر آب، ناخالصی‌های موجود در آن غلیظ می‌شوند. در صورت عدم تصفیه، سه مشکل عمده به وجود می‌آید:

**رسوب‌گذاری باعث کاهش دفع حرارت می‌شود**: یون‌های کلسیم و منیزیم در آب رسوب تشکیل می‌دهند که رسانایی گرمایی آن تنها چند دهم فولاد است. **یک لایه رسوب به ضخامت ۰.۵ میلی‌متر می‌تواند بازده تبادل حرارت را ۲۰ تا ۳۰ درصد کاهش دهد**. تجهیزات برای رسیدن به خنک‌کاری باید سخت‌تر کار کنند که هزینه برق را افزایش می‌دهد.

**خوردگی عمر مفید را کوتاه می‌کند**: اکسیژن و یون‌های موجود در آب لوله‌های فلزی را خورده کرده و باعث ایجاد حفره یا حتی سوراخ‌شدن می‌شوند. **یک سیستم تصفیه‌نشده ممکن است عمر خود را از بیش از یک دهه به تنها ۳ تا ۵ سال کاهش دهد** و خطر نشت را افزایش دهد.

**گرفتگی میکروبی لوله‌ها**: با اکسیژن کافی و دمای مناسب در آب در گردش، باکتری‌ها و جلبک‌ها رشد کرده و لجن تشکیل می‌دهند. **این نه تنها لوله‌ها را مسدود کرده و اثربخشی خنک‌کاری را کاهش می‌دهد، بلکه خوردگی زیر رسوب را نیز تسریع می‌کند** و آب را بدبو و تیره می‌سازد.